Een CT-scan brengt over het algemeen weinig risico’s met zich mee. Omdat een CT-scan werkt met röntgenstraling kan dit bij frequent gebruik schadelijk zijn. Echter worden de moderne scanners steeds preciezer en hebben daarom ook minder straling nodig. Het wordt wel afgeraden voor zwangere vrouwen om een CT-scan te ondergaan als dit niet noodzakelijk is. Ook voor mensen met een jodiumallergie wordt aangeraden om eerst een arts te raadplegen aangezien jodium gebruikt kan worden in de contrastvloeistof.